Интеллектуалды ғылыми-жоба өзін-өзі жетілдіру, өзін-өзі тәрбиелеу, ынтымақтастықты бірлесіп құрып диалог жүргізуге мүмкіндік береді. Өз көзқарастарын қорғау шешендік сөздерді білуге ғана емес, тыңдап, бағалап және өзге адамның идеяларын қабылдауға негізделген. “Бөбек” гимназиясының басым бағыттарының бірі – ғылыми-зерттеу қызметін ұйымдастыру. 2009 жылдан бастап гимназия оқушылары мен ұстаздары Республикалық және Халықаралық конкурстар мен ғылыми конференцияларға қатыса бастады. Бүгінгі таңда біздің оқушылар келесі бағыттар бойынша зерттеулер жүргізуде, олар: математика, экономика, физика және астрономия, тарих, этнография, мәдениеттану, әлемдік көркем әдебиет, химия, биология, әдебиетті оқыту, әдеби сын, тіл білімі, дүниетану, валеология.

Біздің балалар қатысатын конкурстар саны 85-ке өсті. Жұмыстардың сапасы тек республикалық деңгейде ғана емес, халықаралық деңгейде жоғары нәтижелерге қол жеткізуге мүмкіндік береді.

Ғылыми-зерттеу қызметі оқушыларға көпшілік алдында сөйлей білу тәжірибесін алуға, портфолиоға сертификаттар мен дипломдар алуға, сондай-ақ Қазақстанның ЖОО-на түсу үшін жәрдемақы алуға мүмкіндік береді.